Герой Социалистического Труда, лауреат Государственной премии СССР, Заслуженный деятель науки РФ, академик РАМН, доктор медицинских наук, профессор, генерал-полковник медицинской службы, почетный гражданин города-героя Смоленска

Ф.И. Комаров — Герой Социалистического Труда (1980), лауреат Государственной премии СССР (1980) и трех именных премий (М.П. Кончаловского, 1979; С.П. Боткина, 1985; Н.И. Лепорского, 1993), Заслуженный деятель науки РФ (2000). Он награжден двумя орденами Ленина, орденом Октябрьской Революции, двумя орденами Отечественной войны I степени, орденами Трудового Красного Знамени, Красной Звезды, “За службу Родине в Вооруженных Силах СССР” III степени, “За заслуги перед Отечеством” III степени, орденом Красного Знамени Республики Афганистан, медалями “За боевые заслуги”, “За победу над Германией” и многими другими. Международной академией наук Ф.И. Комаров награжден орденом Созидания.