Известный советский океанограф, руководитель отдела географии Научно-исследовательского института Арктики и Антарктики. Принимал участие в многочисленных экспедициях, в том числе на ледоколах «Сибиряков» (в 1932 г.) и «Челюскин» (в 1934 г.). Создал первую батиметрическую карту Арктического бассейна.
Сын инженера Якова Гаккеля, отец музыканта Всеволода Гаккеля. Умер в 1965 году после осложнений, вызванных раком лёгких. В 1966 году один из подводных хребтов в Северном Ледовитом океане, положение которого обосновал Я. Я. Гаккель, назван Географическим обществом СССР по имени первооткрывателя.