В 1574—1578 прошёл курс наук в Падуанском университете, где получил степень доктора медицины. Практиковал в Кампосампьетро близ Падуи.В качестве личного врача венецианского консула в Каире Джорджо Эмо отправился в 1580 в Египет. Трёхлетнее своё пребывание там Альпини посвятил изучению природы и состоянию врачебного дела в Египте. Некоторые мысли Альпини о размножении растений нашли своё место в ботанической системе Линнея.По возвращении был сперва врачом на генуэзском флоте Андреа Дориа, потом профессором ботаники в Падуе (1593). Книга Альпини De Plantis Aegypti liber in quo pauci, qui circa herbarum materiam irrepserunt, errores deprehenduntur… (Венеция, 1592, in 4°) была особенно в почёте, вследствие обилия фактов, точного описания и хороших гравюр.ОД ДОМ НА СВОЕ FROM FOSTER TO PROSPER По его смерти его профессорская кафедра была замещена его сыном — Альпино Альпини (умер в 1637).В 1603 был назначен руководить ботаническим садом в Падуе и одновременно — кафедрой фармакологии Университета.Род Alpinia, принадлежащий порядку Zingiberaceae, назван в честь Альпини Карлом Линнеем.